M.M. Ala Jamil Jbeir – Département de l'environnement

La science de l'écologie microbienne : c'est l'étude scientifique de la distribution et de l'adaptation des organismes vivants à leurs environnements environnants et comment ces organismes sont affectés par les relations mutuelles entre tous les êtres vivants et leurs environnements environnants. L'environnement de l'organisme vivant comprend les conditions et les propriétés physiques qui constituent l'ensemble des facteurs locaux abiotiques tels que le temps et la nature du sol, en plus des autres organismes vivants qui partagent son habitat écologique . habitat est l'une des branches de la biologie Biologyet c'est la science qui étudie les interactions entre les organismes vivants, qu'ils soient végétaux, animaux ou microscopiques, dans l'environnement qui les entoure et elle est dérivée de l'origine grecque OIKOSc'est-à-dire ce qui entoure quelque chose et devient un lieu de vie, tandis que le segment LOGOSsignifie science ou étude.

Les études anciennes pionnières ne se sont pas autant préoccupées de la question de l'environnement que de la recherche des agents pathogènes pour l'homme, l'animal et la plante, et leur préoccupation était d'isoler les microorganismes de leur environnement et d'étudier le microbe en laboratoire avec des plaques de Petri. Deux théories ont émergé dans ce domaine concernant l'isolement des microbes et leur étude dans des environnements industriels de laboratoire, à savoir

1-  Théorie de la maladie de Koch

2-  Théorie de la fermentation de Pasteur  

Les deux théories reposent sur la purification des microbes et leur maintien en culture axénique Culture Axenic et non avec des membres de leur communauté microbienne sous forme de mélange Mixed Culture   

La première théorie : son résumé pour chaque maladie microbienne causée et pouvant être isolée dans un environnement industriel en laboratoire seule, et lors d'une réinjection dans un animal sain, la même maladie se produit, et Koch a travaillé sur la maladie du charbon chez les animaux

Et la deuxième théorie : l'isolement du microbe de son environnement biochimique d'activité et il a été trouvé que pour chaque fermentation, il existe un microbe spécialisé.

Durant la Seconde Guerre mondiale et après, l'ère des antibiotiques a émergé, et leur découverte était basée sur un phénomène environnemental, à savoir les relations concurrentielles entre les microbes du sol, où certains d'entre eux sécrètent des substances chimiques qui éliminent la concurrence des autres microbes,  et durant les années cinquante du siècle dernier, le problème de la pollution chimique a émergé à cause de la révolution industrielle et de l'échec des autres méthodes traditionnelles pour débarrasser l'environnement de celle-ci. Par conséquent, des souches microbiennes ont été développées et introduites dans le sol et l'eau pour éliminer ces polluants, mais ces méthodes échouent complètement si l'environnement et ses facteurs favorisant la propagation de ces microbes et leur croissance et reproduction dans l'environnement pollué ne sont pas étudiés. En raison de la pollution chimique résultant de l'ajout d'engrais, les études environnementales se sont orientées vers la production de fertilisants Pesticides of microbial origin biologiques et des pesticides Bacteria Fertilization biologiques  Avec le développement de l'ingénierie des environnements et la connaissance des plasmides responsables de la colonisation microbienne ( ( factor Colonization Plasmidet l'intérêt pour le phénomène de colonisation qui commence par le processus d'adhésion microbienne aux surfaces biologiques et non biologiques afin de pouvoir contrôler les agents pathogènes humains, animaux et végétaux ou d'entraver l'adhésion des microbes aux surfaces, comme dans le cas du rhizobium ou dans le cas de l'adhésion des microbes aux matières organiques dans les cycles des différents éléments ou des polluants afin de les décomposer, en plus du grand changement dans la diversité microbienne de l'environnement Microbiadevesity en raison de la pollution chimique et de l'intervention humaine et de ses manipulations génétiques, des espèces de l'environnement ont disparu et de nouvelles espèces de microbes sont apparues) l'apparition de souches de virus de la grippe et le changement de leur hôte, par exemple, cela a changé la diversité écologique animale et végétale.

Les communautés microbiennes dans différents environnements se développent également de manière variée selon le type d'environnement  car le même microbe se comporte différemment selon l'environnement de croissance, par exemple, les bactéries rhizobium varient dans leurs foyers de croissance idéaux lorsqu'elles se trouvent dans le sol par rapport à l'environnement idéal dans les racines des légumineuses. En général, les systèmes environnementaux naturels les plus pauvres pour la vie des microbes sont les systèmes aériens, qui sont fondamentalement des systèmes inadaptés à la croissance et à la reproduction des microbes en raison des rayons ultraviolets mortels pour les microbes, ainsi que de la sécheresse, des vents et du manque de nutriments. À l'inverse, l'environnement aquatique doux, où les déchets sont déversés et où les restes de plantes tombent, est considéré comme un environnement nutritif et les microbes s'y reproduisent. En revanche, l'environnement du sol fertile est l'un des meilleurs environnements pour la reproduction des microbes et l'environnement des intestins humains et des estomacs des animaux est un exemple de l'environnement biologique idéal pour la reproduction des microbes. La communauté microbienne dans ces environnements idéaux comprend des individus et des colonies vivant dans un même habitat écologique et agissant comme une unité et un système intégré,  et dans les organismes supérieurs, les limites des systèmes écologiques dans lesquels ils vivent sont claires  mais il est difficile de définir les limites des communautés microbiennes dans des environnements ordinaires comme le sol et l'eau en raison de la similitude des tailles et des formes et du temps dans les activités d'un seul microbe, où une seule activité est réalisée par plusieurs types de microbes (la décomposition des déchets organiques étant un exemple. Dans des environnements extrêmes et difficiles, les communautés microbiennes sont peu nombreuses mais clairement définies, et selon les conditions extrêmes, la dénomination est déterminée par cette condition extrême, comme communities microbial spring Hot  la communauté des microbes des sources chaudes, et il existe une autre communauté qui est la communauté des microbes des profondeurs marines communities Microbial Sea Deep où il n'existe que des communautés capables de supporter des températures et des pressions hydrostatiques élevées, et ces types de microbes dominent et se reproduisent rapidement et surmontent d'autres densités microbiennes. Les étendues et les limites des systèmes écologiques, il existe des microbes à large portée écologique, c'est-à-dire qu'ils s'activent dans différents systèmes écologiques, comme les genres de bactéries Pseudomonas et les genres de bactéries Bacillus que l'on trouve dans le sol, l'eau et les organismes vivants, la composition de la communauté microbienne est difficile à définir avec précision dans les environnements naturels, c'est pourquoi les groupes de microbes larges sont référencés comme appartenant à la même famille, comme la communauté fongique community Fungal et il n'est pas fait référence aux genres et espèces fongiques, de même pour la communauté bactérienne liée au site écologique dans le sol  community microbial Soilou l'intervalle interstitiel .comm microbial Intestinal 

Le scientifique 1925 Winogradskya défini la communauté microbienne en deux groupes, à savoir. Ms. Micro Thonous Autoohles autochtones, qui se trouvent toujours dans le site écologique, par exemple, les bactéries de Bacillusse trouvent toujours dans le sol et les bactéries Pseudomonas dans l'eau et les bactéries   E.coli  se trouvent dans les intestins. Cela signifie qu'ils sont présents dans les systèmes écologiques et ne proviennent pas d'un système écologique externe et continuent de croître même si de nouvelles substances sont ajoutées au système, comme des engrais ou des matières organiques ou des polluants.

. Ms. Micro Thonous Alloch les intrus, et ce groupe est étranger au système écologique et provient d'un système écologique externe, et son activité dans le nouveau site est due aux ajouts au site écologique, et il peut être en dormance ou disparaître lorsque la partie ajoutée disparaît, comme les bactéries arrivées dans le sol avec des restes végétaux et vivant sur la cellulose, et lorsque celle-ci disparaît, ces organismes disparaissent également. Il en va de même pour les bactéries arrivées avec les déchets humains, par exemple, et il existe de nombreux exemples, comme les bactéries parasitaires sur les tissus animaux, les bactéries provenant de la mer qui ne peuvent vivre que dans un environnement salin , les bactéries oxydantes du fer, les bactéries oxydantes du soufre, ......... et ainsi de suite, la majorité des microbes ont la capacité de s'installer, de se reproduire et d'interagir dans différents environnements, c'est pourquoi il est difficile pour nous, dans un environnement comme le sol et l'eau douce, d'examiner ses microbes et de déterminer qui est l'intrus et qui est l'autochtone.